Аннотация. В условиях Свердловской области результатом интенсивной голштинизации в течение последнего десятилетия стала трансформация исходного генофонда уральского черно-пестрого скота. Цель. Проведение сравнительного анализа аллельных частот между двумя поколениями (2007-2014 и 2018-2022 гг. рождения) маточного поголовья крупного рогатого скота Свердловской области для выявления динамики генетического разнообразия и идентификации локусов, потенциально находящихся под действием отбора. Методы. Генотипирование 1231 образца с использованием ДНК-биочипа Illumina, фильтрация данных в PLINK 1.9, расчёт частоты минорного аллеля (MAF), абсолютной разницы частот аллелей (AFD), разницы частот минорных аллелей (ΔMAF) и индекса фиксации (FST). Статистическая значимость различий оценивалась с помощью критерия x². Аннотирование и функциональный анализ генов выполнялись с использованием R-пакетов и онлайн-инструмента DAVID. Научная новизна впервые для популяции голштинизированного чёрно-пёстрого скота Свердловской области проведён полногеномный анализ динамики аллельных частот между поколениями. Выявлены локусы с достоверно изменёнными частотами и определены близлежащие гены. Результаты. Установлено незначительное снижение средней MAF в молодом поколении (0,28 против 0,29 у старших особей) при одновременном росте числа редких и низкочастотных аллелей. Генетическая дифференциация между поколениями низка (FST = 0,019). Выделены 214 ОНП с максимальными значениями AFD (при p-значении ≤ 10-8), для большинства из которых (151 SNP) частота минорного аллеля снизилась. Среди генов, ассоциированных с топ 0,1% ОНП, обнаружены кластеры, связанные со сперматогенезом (PRM1, PRM2, PRM3, TNP2), фертильностью (SCRN1), эмбриогенезом (PRR15) и ответом на стресс (DNAJC12).

Ключевые слова: минорный аллель, генетическая дифференциация, однонуклеотидный полиморфизм, молочный скот, популяционная генетика, геномная селекция, генетическое разнообразие

Для цитирования: Г.А. Лиходеевский, О.А. Минина, П.С. Богатова, О.Е. Лиходеевская, Т.П. Евсеева, О.Г. Лоретц, Д.А. Темников, О.А. Волкова. Разница частот аллелей в популяции крупного рогатого скота Свердловской области. Журнал биологических наук и сельского хозяйства. 2025, Т.1, №6, C. 359-374. https://doi.org/10.63490/3034-6797-2025-01-06-359-374

Дата поступления статьи: 18.11.2025, дата рецензирования: 10.12.2025, дата принятия: 12.12.2025

Опубликовано: 30.12.2025 г.

Скачать полный текст PDF

PDF